一、分公司与总公司的区别
分公司一般指业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。在法律上、经济上没有独立性，仅作为总公司的附属机构，具体表现特征为：
1、分公司的设立不用遵循公司设立的程序，只需要进行简单地登记和营业手续。
2、分公司不具备法人资格，其民事责任由总公司承担，分公司不独立承担民事责任，且营业执照上为负责人，而非法定代表人。
3、分公司的名称一般是在总公司名称后加上分公司字样即可。
4、分公司没有公司章程，也没有董事会等经营决策和业务决策机关。
5、所谓分公司的“资产”，是指其使用的总公司的财产的一部分，需要列入总公司的资产中，分公司没有自己的独立财产。
二、分公司的会计核算
分公司一般有“独立核算”和“非独立核算”两种核算模式。
1、“独立核算”是指分公司在经营过程中，单独对自身的经营成果进行全面、系统的会计核算。
独立核算建筑分公司的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户;独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同;独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计组织机构。
2、“非独立核算”是指分公司没有完整的会计凭证和会计组织机构，全面核算工作由总机构完成。
非独立核算建筑分公司的特点是：一般由总公司拨给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏。
三、分公司的纳税申报
1、增值税
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条增值税纳税地点的规定：总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税;经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。
因此，在正常情况下，应该由分支机构独立申报缴纳增值税。分公司按照正常程序登记为一般纳税人或者小规模纳税人，领取并开具发票。一般纳税人抵扣进项税，独立统计销进项，计算增值税额并定期在当地主管税务机关申报纳税。
这里需要注意以下几点：
①总公司与分公司的纳税人资格可以不一样，也就是说总公司是一般纳税人，分公司可以是小规模纳税人。
②总公司与分公司的进销项是单独计算，单独开票，单独确认，单独纳税申报。总分公司的进项不得相互抵扣，只能各自抵扣各自的进项。同样，对于简易计税，总分公司差额扣除只能各自扣除各自的分包款。
③总分公司之间发生增值税的应税行为，应视同销售进行纳税申报。
此外，根据《财政部 国家税务总局关于重新印发<总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》(财税[2013]74号)规定，经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构，增值税可以由总机构汇总缴纳，分支机构按审批后的比例预缴。
2、个人所得税
根据《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》(国家税务总局公告2015年第52号)规定：异地施工企业个人所得税一律由扣缴义务人向工程作业所在地税务机关申报缴纳。所以，对建筑施工企业分公司跨地区施工，即使工资由总机构发放，也必须由发放机构在工程所在地缴纳所代扣的个人所得税。
3、企业所得税
《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第二条规定：居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业(以下简称汇总纳税企业)，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法(统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库)。
因此，总分机构的所得税征收法定实行汇总纳税，不区分是否独立核算。因此无论是“独立核算”还是“非独立核算”，分公司都无需独立完成企业所得税汇算清缴工作。
但是实际工作中也存在不具备法人资格的分支机构自行完成所得税汇算清缴工作而没有进行汇总纳税的情况。
根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第二十四条规定：以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。
因此实际业务中，如果财务人员没有正确理解“独立核算”和“非独立核算”的概念，没有及时向税务机关提供相关的证明及所得税分配表，就可能会被视同为“独立纳税人”缴纳企业所得税。
4、其他税种
除了上述4大税种，分支机构还需缴纳的其他税金，如：房产税，土地使用税，印花税，城建税，教育费附加，地方教育费附加，水利基金等都由各分公司独立完成申报缴纳，不区分是否独立核算。